Zbirke Pretpovijesna arheološka zbirka
Premda je Muzej grada Zagreba 2007. godine proslavio stotu obljetnicu svoga rada, arheološka zbirka novijeg je datuma i osnovana je 1993. godine, kada je u Muzeju po prvi put otvoreno mjesto arheologa. Zbog velikih arheoloških istraživanja (1989.-1995.) tijekom obnove glavne muzejske zgrade (samostana klarisa) te izvedbe novog stalnog postava, ali i sve većih potreba arheoloških istraživanja u staroj gradskoj jezgri, 1997. godine Muzej je zaposlio i drugog arheologa. Time su stvorene pretpostavke za podjelu arheološke zbirke na pretpovijesnu i srednjovjekovnu unutar kojih je bilo moguće rasporediti gotovo čitav arheološki fundus Muzeja.
Zbog intenzivnih iskopavanja koje Muzej provodi na području grada i njegove bliže okolice, te velike količine novoprikupljenog materijala, razmišlja se i o osnivanju novih zbirki (primjerice numizmatičke i novovjekovne).
Pretpovijesna zbirka Muzeja grada Zagreba sadrži nalaze koji su prikupljani poklonima, rekognosciranjima i iskopavanjima. Većina nalaza prikupljena je zadnjih dvadesetak godina, kada su i istraživanja intenzivirana. Pretpovijesne nalaze koje čuva MGZ, a pronađeni su u stručnim iskopavanjima možemo promatrati kroz tri grupe.
 			 				 Prvu grupu predstavljaju nalazi prikupljeni pri istraživanju nalazišta Muzej grada Zagreba (samostan klarisa).
 			 		Prvu grupu predstavljaju nalazi prikupljeni pri istraživanju nalazišta Muzej grada Zagreba (samostan klarisa).
Premda se i ranije predmnijevalo, a raniji slučajni nalazi u podgrađu ukazivali da je Gradec bio i u pretpovijesti značajno naselje, ovi su nalazi prvi pokazali veličinu i značaj zagrebačkoga Gradeca u prvom tisućljeću pr. Krista. 
Brojnost predmeta i kvaliteta izrade kasnobrončanodobnih i željeznodobnih keramičara i ljevača ukazuju na visoku kvalitetu življenja na brdu Gradec.

Drugu grupu čine nalazi prikupljeni u zaštitnim iskopavanjima na različitim lokacijama, posebice na Gornjem gradu (Markov trg, Grič, Demetrova 7 itd.), koji su samo upotpunili spoznaje o pretpovijesnom Gradecu, kako kulturno tako i vremenski. Ustanovljeno je da je gradečki plato u cijelosti bio naseljen još od kraja drugog tisućljeća pr. Krista. Nedvojbeno je da je Gradec tada bio veliko regionalno središte, koje je odigralo važnu, a vrlo vjerojatno i dominantnu ulogu u formiranju kulturnog identiteta cijeloga kraja.
Treću grupu čine nalazi iskopani na nalazištu Budinjak u Žumberku, gdje MGZ sustavno provodi istraživanja od 1993. godine. Budinjak je smješten u središnjem dijelu Žumberačke gore na nadmorskoj visini od 740 m, pedesetak kilometara zapadno od Zagreba. Riječ je o utvrđenom naselju (gradini Židovske kuće) i nekropoli tumula (grobnih humaka) iz vremena starijeg željeznog doba (halštatske kulture). Šira istraživanja ovog nalazišta trebala bi pojasniti načine ukopa i dati  nove nalaze i spoznaje o halštatskoj kulturi sjeverozapadne Hrvatske.


Bogatstvo do sada pronađenih nalaza na nekropoli u Budinjaku, svjedoči o ekonomskoj snazi stariježeljeznodobne populacije koja je živjela na budinjačkoj gradini. Ta je ekonomska snaga usporediva s onom najbogatijih željeznodobnih nalazišta s jugoistočnog alpskog prostora. Značaj i važnost pronađenih nalaza svjedoče o važnosti istraživanja tog nalazišta za proučavanje srednjoeuropske pretpovijesti (halštatske kulture).
Želimir Škoberne, muzejski savjetnik
Vezane izložbe
Zagreb prije Zagreba, Muzej grada Zagreba, 1994.
Budinjak - kneževski tumul, Muzej grada Zagreba, 1999. 
Žumberak: 20 godina poslije ... (Gornja Vas 1982. – Budinjak 2001.), Gradski muzej Jastrebarsko, 2001.
Žumberak: 20 godina poslije... (Gornja Vas 1982. - Budinjak 2001.), Samoborski muzej, 2001.
Žumberak: 20 godina poslije... (Gornja Vas 1982. - Budinjak 2001.), Budinjak, 2001.
Budinjak i Libna: kacige istoga ljevača?, Krško, 2001.
Kacige u Hrvatskoj, Galerija Zvonimir, 2001.
Oživljene kulture - arheološka otkrića na Gorjancima/Žumberku, Ljubljana, 2002.
Žumberak - od prapovijesti do kasne antike, Arheološki muzej u Zagrebu, 2002.
Željezno i rimsko doba na Žumberku / Gornja Vas, 1982. - Budinjak, 2002., Zavičajni muzej Ozalj, 2003.
Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada - starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj, Arheološki muzej Zagreb, 2004.
Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada - starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj, Muzej Slavonije, Osijek, 2005.
Potok u srcu Zagreba - Uz potok Medveščak od izvora do ušća, Muzej grada Zagreba, 2005.
Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada - starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj, Gradski muzej Varaždin, 2006.
Dreitausend Jahre Vorgeschichte – Meisterwerke der Metallzeit im kontinentalen Kroatien, Keltenmuseum Hochdorf/Enz, 2008.
U službi arheologije, Muzej grada Zagreba, 2013.
Budinjak – polje tumula: arheološka istraživanja 1995. – 2014., Muzej grada Zagreba, 2016.
Od Budinjaka do Mainza – Von Budinjak nach Mainz, Galerija Vijećnice grada Mainza, 2017.
Vezana izdanja
 Škoberne, Želimir. Povijest istraživanja. // Zagreb prije Zagreba / urednik Ante Rendić-Miočević.
 Škoberne, Želimir. Povijest istraživanja. // Zagreb prije Zagreba / urednik Ante Rendić-Miočević.
Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu ; Muzej grada Zagreba ; Sesvete : Muzej Prigorja ; Velika Gorica : Muzej Turopolja, 1994. Str. 13-18.
Škoberne, Želimir. Željezno doba. // Zagreb prije Zagreba / urednik Ante Rendić-Miočević.
Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu ; Muzej grada Zagreba ; Sesvete : Muzej Prigorja ; Velika Gorica : Muzej Turopolja, 1994. Str. 30-32.
 Škoberne, Želimir. Budinjak : kneževski tumul.
 Škoberne, Želimir. Budinjak : kneževski tumul.
Zagreb : Muzej Grada Zagreba, 1999.
                 
                 
                 
                 
                 
                  
 Škoberne, Želimir. Budinjak : kneževski tumul : katalog izložbe.
 Škoberne, Želimir. Budinjak : kneževski tumul : katalog izložbe.
Zagreb : Muzej grada Zagreba, 1999.
   
   
   
   
 Škoberne, Želimir. Budinjak in Libna : Čelade istega livarja.
 Škoberne, Želimir. Budinjak in Libna : Čelade istega livarja.
Zagreb : Muzej grada Zagreba : Krško : Zavarovalnica Triglav d.d., 2001.
.jpg) Škoberne, Želimir. Prapovijesne kacige. // Kacige u Hrvatskoj /
 Škoberne, Želimir. Prapovijesne kacige. // Kacige u Hrvatskoj /
urednik Zoran Batušić.
Zagreb : Ministarstvo obrane Republike Hrvatske, 2001. Str. 11-35.       
 Škoberne, Želimir. Pregled pretpovijesnih arheoloških istraživanja u Žumberku. // Žumberak : od prapovijesti do kasne antike / urednica Vesna Herak.
 Škoberne, Želimir. Pregled pretpovijesnih arheoloških istraživanja u Žumberku. // Žumberak : od prapovijesti do kasne antike / urednica Vesna Herak.
Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu, 2002. Str. 32-82.
 Križ, Borut; Želimir Škoberne. Pregled prazgodovinskih arheoloških raziskovanj na Žumberku-Gorjancih. // Oživljene kulture : Arheološka odkritja na Gorjancih/Žumberku / uredništvo Nina Pirnat-Spahič, Želimir Škoberne.
 Križ, Borut; Želimir Škoberne. Pregled prazgodovinskih arheoloških raziskovanj na Žumberku-Gorjancih. // Oživljene kulture : Arheološka odkritja na Gorjancih/Žumberku / uredništvo Nina Pirnat-Spahič, Želimir Škoberne.
Ljubljana : Cankarjev dom, kulturni in kongresni center, 2002. Str. 34-73.
 			 				 Gregl, Zoran; Želimir Škoberne. Željezno i rimsko doba na Žumberku (Gornja Vas, 1982. – Budinjak, 2002.).
 				Gregl, Zoran; Želimir Škoberne. Željezno i rimsko doba na Žumberku (Gornja Vas, 1982. – Budinjak, 2002.).
Ozalj : Pučko otvoreno učilište Ivana Belostenca, Zavičajni muzej Ozalj, 2003.
[presavitak] 			 		
 Škoberne, Želimir. Grupa Budinjak. // Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada : Starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj / ur. Dubravka Balen-Letunić.
 Škoberne, Želimir. Grupa Budinjak. // Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada : Starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj / ur. Dubravka Balen-Letunić.
Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu, 2004. Str. 131-159.
Škoberne, Želimir. Tragovi starijega željeznog doba središnje Hrvatske u prostoru između definiranih kulturnih skupina. // Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada : Starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj / ur. Dubravka Balen-Letunić.
Zagreb : Arheološki muzej u Zagrebu, 2004. Str. 160-171.
 Bugar, Aleksandra; Boris Mašić. U službi arheologije.
 Bugar, Aleksandra; Boris Mašić. U službi arheologije.
Zagreb : Muzej grada Zagreba, 2013.
 Škoberne, Želimir. Budinjak – polje tumula: arheološka istraživanja 1995. – 2014..
 Škoberne, Želimir. Budinjak – polje tumula: arheološka istraživanja 1995. – 2014..
Zagreb : Muzej grada Zagreba, 2016.
[presavitak]
 Škoberne, Želimir; Aleksandra Bugar. Od Budinjaka do Mainza = Von Budinjak nach Mainz.
 Škoberne, Želimir; Aleksandra Bugar. Od Budinjaka do Mainza = Von Budinjak nach Mainz.
Zagreb : Muzej grada Zagreba, 2017.
Sadržaj
 50 Jahre Städtepartnerschaft Mainz – Zagreb : Drei Ausstellungen im Mainzer Rathaus : 22. Juni bis 31. August 2017
 50 Jahre Städtepartnerschaft Mainz – Zagreb : Drei Ausstellungen im Mainzer Rathaus : 22. Juni bis 31. August 2017
Mainz : Landeshauptstadt Mainz, Hauptamt, Öffentlichkeitsarbeit und Protokoll sowie Kulturamt, 2017
[presavitak]
Vezani publicirani radovi
Ankner, Dietrich. Die Bronze des Schüsselhelmes von Budinjak. // Jahrbuch des Römisch-Germanischen Zentralmuseums Mainz : 45. Jahrgang 1998 : Teil 2. Mainz : Römisch-Germanisches Zentralmuseum, 1999. Str. 469-472.
Majnarić-Pandžić, Nives. Otkriće prethistorijskog naselja na Gornjem gradu u Zagrebu. // Vijesti muzealaca i konzervatora Hrvatske. 38, 3-4(1989), str. 16.
Škoberne, Želimir. Nalaz neuobičajene višeglave igle s budinjačke nekropole. // Opuscula Archaeologica : Radovi Arheološkog zavoda, 27(2003), str. 199-210.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak, 1(2004) / urednik Jasen Mesić. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2005. Str. 105-107.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak, 2(2005) / urednik Jasen Mesić. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2006. Str. 147-149.
Škoberne, Želimir. Budinjak. // Stotinu hrvatskih arheoloških nalazišta / urednik Aleksandar Durman. Zagreb : Leksikografski zavod Miroslav Krleža, 2006. Str. 106-107.
Škoberne, Želimir. Budinjak – an Early Iron Age Necropolis (a Case Study in “Family Tumuli”). // European Association of Archaeologists : 13th Annual Meeting, Zadar, Croatia, 18th – 23rd September 2007 : Abstracts Book : Programme and Abstracts / Editor-in-chief Ante Uglešić. Zadar : University of Zadar, 2007. Str. 235.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak, 3(2006) / urednik Jasen Mesić. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2007. Str. 172-174.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak, 4(2007) / urednica Blanda Matica. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2008. Str. 187-189.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola i gradinsko naselje. // Hrvatski arheološki godišnjak, 5(2008) / urednik Jasen Mesić. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2009. Str. 247-250.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak, 6(2009) / urednik Zoran Wiewegh. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2010. Str. 235-238.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Zagreb – Demetrova 7. // Hrvatski arheološki godišnjak, 6(2009) / urednik Zoran Wiewegh. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2010. Str. 259-264.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak, 7(2010) / urednik Zoran Wiewegh. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2011. Str. 278-282.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak 8(2011) / urednik Zoran Wiewegh. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2012. Str. 258-261.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak 9(2012) / urednik Zoran Wiewegh. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2013. Str. 300-303.
Škoberne, Želimir. Lokalitet: Budinjak – nekropola. // Hrvatski arheološki godišnjak 10(2013) / urednik Zoran Wiewegh. Zagreb : Ministarstvo kulture, 2014. Str. 230-233.
Ostali vezani članci
Trslić, Nataša. Željezno doba u Muzeju grada Zagreba. // Jutarnji list, 14. studenoga 1999., str. 17.
Jovetić, Goran. Sjaj budinjačkih grobnica. // Vjesnik, 16. studenoga 1999., str. 17.
Mandić, J. Iz Budinjaka – u središte svjetske znanosti. // Novi list, 16. studenoga 1999.
Trslić, Nataša. Monografija ‘Budinjak – kneževski tumul’. // Jutarnji list, 29. studenoga 1999., str. 14.
Eterović, Koraljka. »Budinjak - kneževski tumul«. // Komunalni vjesnik, god. XIV, br. 215, 8. prosinca 1999., str. 10.
Glogović, Dunja. Knjižne ocene in prikazi : Želimir Škoberne: Budinjak : Kneževski tumul. // Arheološki vestnik, 52(2001), str. 402-403.
Tenžera, Marina. Kacige kroz povijest. // Vjesnik, 28. veljače 2001., str. 13.
Izložba "Kacige u Hrvatskoj". // Vjesnik, 2. ožujka 2001., str. 23.
Begović, Sead. Od prapovijesti do seobe naroda. // Vjesnik, 17. rujna 2001., str. 19.
Vujić otvorio arheološku izložbu o Žumberku. // Jutarnji list, 22. veljače 2002., str. 28.
Jendrić, Dorotea. Zdjelaste kacige i rimsko staklo. // Večernji list, 23. veljače 2002., str. 14.
Jovetić, Goran. Arheološka riznica u parku prirode. // Vjesnik, 23. veljače 2002., str. 15.
Škiljan, Robert. Izložba "Žumberak - od prapovijesti do antike". // Samoborski glasnik, 7. ožujka 2002.
Izložba o Žumberku gostuje u Sloveniji. // Vjesnik, 25. travnja 2002., str. 15.
Jendrić, Dorotea. Prošlost opisana mačem, kacigom i urnom. // Večernji list, 25. travnja 2002., str. 16.
Jendrić, Dorotea. Zdjelaste kacige i rimsko staklo. // Žumberačke novine, br. 207/208, prosinac 2001./travanj 2002., str. 31.
Lapajne, Damjan. 20 godina arheološkog istraživanja. // Žumberačke novine, br. 207/208, prosinac 2001./travanj 2002., str. 26.
Marković, Zorko. Žumberak od prapovijesti do kasne antike. // Vijesti muzealaca i konzervatora. 51, 2-4(2002), str. 42-45.
Tolić, Vlasta. Dvije države - jedan kulturni prostor. // Vjesnik, 27. travnja 2002., str. 16.
Cvjetičanin, Biserka. Proljeće muzeja. // Zarez, god. IV, br. 80, 9. svibnja 2002., str. 3.
Jendrić, Dorotea. Arheologija ne pozna granice. // Večernji list, 13. svibnja 2002., str. 18.
Jendrić, Dorotea. Prošlost opisana mačem, kacigom i urnom. // Žumberačke novine, br. 210/211, studeni 2003., str. 39.
Jendrić, Dorotea. Zdjelaste kacige i rimsko staklo. // Žumberačke novine, br. 210/211, studeni 2003., str. 43.
Rotar, Katarina. Knjižne ocene in prikazi : Oživljene kulture. Arheološka odkritja na Gorjancih/Žumberku. // Arheološki vestnik, 54(2003), str. 467.
Vranić, Antonija. Priče iz davnine. // Vijenac, god. XII, br. 279., 11. studenoga 2004., str. 17.
Balen-Letunić, Dubravka. Ratnici na razmeđu Istoka i Zapada : Starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj. // Glas Gradskog muzeja Karlovac. 4, 1(2005), str. 23-26. 
Posude su riječi, a grobovi rečenice : Ljetna arheološka iskapanja na Budinjaku. // Samoborski glasnik, 8. kolovoza 2006.
Glogović, Dunja. Ratnici na razmeđu istoka i zapada - Starije željezno doba u kontinentalnoj Hrvatskoj : Arheološka izložba održana u Zagrebu, Osijeku i Varaždinu. // Vijesti muzealaca i konzervatora. 55, 3-4(2006), str. 16-17.
Majetić, Goran. Tumulusi u Hrvatskoj - veličanstvene prapovijesne “piramide”. // Svjetlo : časopis za kulturu, umjetnost i društvena zbivanja. 1-2(2011), str. 136-143.
Izložba o Budinjaku. // Zagreb moj grad 10, 57(2016), str. 59.
Korljan, Zrinka. Izložba o iskopinama iz Budinjaka. // Jutarnji list, 17. ožujka 2016., str. 22.
Aus Mainz und Zagreb. // Allgemeine Zeitung Mainz, 19. lipnja 2017.
Hoffmann, Marianne. Begeistert für die europäische Idee. // Allgemeine Zeitung Mainz, 23. lipnja 2017.
 

